Trente deux ans avant la bataille de Yavin, un complot est organisé par un mystérieux individu.
Sur la ville planète de Coruscant, capitale galactique, le sénat impose des taxations sur des routes commerciales sur plusieurs Bordures. La Fédération du commerce, qui se fait déjà attaquer par des pirates, prend très mal cette décision et impose un blocus total à la paisible planète Naboo. Des Jedi sont envoyés pour résoudre le litige et entamer des négociations. Ces deux Jedi sont Qui-Gon Jinn et son padawan Obi-Wan Kenobi.
Mais en réalité, la Fédération a un autre objectif que l'arrêt des taxations. Elle essaie alors d'éliminer les Jedi mais sans succès. Les deux chevaliers prennent donc la route du centre de commandement du vaisseau sur lequel ils se trouvent et tentent de retrouver Nute Gunray, le Vice-roi de la Fédération du commerce. Les Jedi, dépassés par les forces de l'ennemi, s'enfuient et se réfugient dans les transports de troupes destinés à envahir Naboo.
Une fois sur la planète, les Jedi font la connaissance de Jar Jar Binks, un gaffeur né Gungan, qui a été banni par les siens. Il propose alors à Qui-Gon et Obi-Wan de les mener à Otoh Gunga, la ville subaquatique de Jar Jar. Là bas, Binks est très mal reçu et se fait emprisonner tandis que les deux Jedi négocient un moyen de transport et la libération de Jar Jar avec le dirigeant d'Otoh Gunga, Boss Nass. Qui-Gon utilise ses dons de jedi afin de convaincre le boss, qui finit par accepter et leur donnent un Bongo, sorte de vaisseau sous-marin Gungan.
Le trio s'en va alors vers Theed, capitale de Naboo, en passant par le noyau de la planète, et se fait prendre en chasse par différentes créatures gigantesques du monde sous-marin comme le tueur des mers Opee ou le monstre Sando. Arrivés à bon port, les deux Jedi parviennent à libérer la reine Amidala et à la convaincre de quitter sa planète envahie pour aider le sénateur de Naboo, Palpatine, à plaider sa cause au sénat galactique, sur Coruscant.
Lors de la fuite, le vaisseau se fait endommager et ils sont obligés de s'arrêter sur Tatooine pour trouver les pièces à remplacer. Qui-Gon découvre alors un jeune humain du nom d'Anakin Skywalker, esclave d'un ferrailleur nommé Watto. Le jeune garçon tombe sous le charme de la jeune suivante, Padmé (qui est en fait la reine de Naboo) tandis que Qui-Gon tente de se procurer les pièces. Anakin propose donc à Qui-Gon de parier avec Watto sur la course de la Bounta Eve. Watto et le Jedi arrivent à un accord : si Anakin gagne, Qui-Gon remporte les pièces et Watto garde les gains de la victoire. En cas de défaite Watto garde le vaisseau de Qui-Gon. Avant le départ Watto et Qui-Gon font un nouveau pari: si Ani gagne, il retrouve sa liberté, sinon le module de course sera à Watto. Après une course acharnée, Ani parvient à remporter la victoire.
Qui-Gon peut partir et Anakin viendra avec lui pour devenir Jedi. Mais en arrivant au vaisseau Qui-Gon est attaqué par Dark Maul, un seigneur Sith. Arrivée sur Coruscant, la reine frustrée par la corruption et l'incapacité du sénat à résoudre le conflit, propose une motion de censure à l'encontre du chancelier suprême Valorum. Ce dernier sera remplacé par le sénateur Palpatine qui a profité de la sympathie générée par la situation dans laquelle se trouve Naboo. Malgré cette victoire, la reine, qui n'en peut plus d'attendre l'aide du sénat, décide de repartir sur sa planète et organise un plan à haut risque : les gungans devront se battre contre toute l'armée de la Fédération pour faire diversion pendant que les chasseurs stellaires tenteront de détruire le vaisseau amiral droïde de la Fédération et que la reine essayera de capturer le vice-roi.
Le plan est prêt quand Dark Maul refait surface et attaque les deux Jedi. Quant à Anakin, il se retrouve involontairement sur le lieu de la bataille spatiale. La reine réussit donc la capture de Nute Gunray et Anakin parvient à détruire le vaisseau amiral. Mais Obi Wan et Qui-Gon continuent de se battre contre Maul. Après plusieurs minutes de lutte, Obi Wan se retrouve coincé derrière une barrière énergétique et assiste impuissant à l'assassinat de son maître. La barrière désactivée, Obi Wan se bat avec rage et finit par vaincre Maul en le tranchant en deux avec le sabre laser de son maître. Il accède ainsi au rang de Chevalier Jedi et prend Anakin sous son aile ...
